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Merkendorf entstand aus einer slawischen Siedlung vermutlich aus dem 9./10. Jahrhundert und wurde 1249 erstmals urkundlich erwähnt. 1398 gestattete König Wenzel Merkendorf zu befestigen und einen Jahrmarkt abhalten zu lassen. Merkendorf wird Stadt. Die Altstadt stammt aus dem Spätmittelalter, die Grundsteinlegung der Stadtkirche Unserer Lieben Frau erfolgte 1478.
Merkendorf selbst hatte im Jahr 1928 etwa 800 Einwohner. Nach Kriegsende stieg die Einwohnerzahl durch den Zuzug der Heimatvertriebenen auf 1102. Durch die Ausweisung neuer Baugebiete ist die Einwohnerzahl im Hauptort Merkendorf auf zwischenzeitlich rund 2100 angestiegen.
Die Weißbachmühle ist der kleinste und doch am längsten der Stadt Merkendorf zugehörige Stadtteil. Er besteht nur aus zwei Anwesen und liegt 600 Meter westlich der Stadt an der Straße nach Willendorf.
Schuh deutet den Ortsnamen als "Mühle am Weißbach (weißer Bach)".
Die Geschichte der Weißbachmühle reicht bis in das Jahr 1437 zurück, als Markgraf und Kurfürst Friedrich I. von Brandenburg dem Kloster Heilsbronn gestattete, eine Mühle "vnter des Schonmans weyer an dem Weischpach Bey Mirckendorf" zu errichten. Das Ortschaftenverzeichnis für den Freistaat Bayern von 1928 bezeichnet die Weißbachmühle als eine zur Stadt Merkendorf gehörende Einöde mit fünf Einwohnern und einem Wohngebäude. Die Weißbachmühle wurde als Mahlmühle bis nach dem Zweiten Weltkrieg betrieben.
1970 erröffnete die Stadt Merkendorf nördlich des Mühlenanwesens, dort wo bisher der Mühlenweiher lag, ein Naturfreibad mit Sanitäranlagen, Kiosk und Spielplatz. Ein Zeltplatz schließt sich im Norden an die Liegewiese an. Gegenüber der Weißbachmühle liegt ein neu errichteter Wohnmobilstellplatz.
Die ehemalige Gemeinde Heglau mit den Ortsteilen Heglau und Dürrnhof wurde mit Wirkung vom 1. Januar 1971 in die Stadt Merkendorf eingegliedert.
Die Geschichte der Gemeinde Heglau, einst "Heglin", hängt eng mit der Entwicklung des Klosters Heilsbronn zusammen. Urkundlich wird Heglau 1187 erwähnt.
Der Stadtteil Heglau ist vor allem durch den Krautanbau bekannt. Der ortsansässige Krautbauernhof Reuter hat sich auf Krautanbau und die Sauerkrautherstellung spezialisiert und vertreibt dieses gesunde und natürliche Nahrungsmittel als Direktvermarkter im Hofladen sowie im weiten Umkreis an Gastwirtschaften und Geschäfte.
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Dürrnhof wurde zusammen mit Heglau zum 1.1.1971 in die Stadt Merkendorf eingegliedert.
In Dürrnhof wurde einst der Grundstein der Probstei "Altmühl" gelegt. Dürrnhof war Amts- und Gerichtssitz, bis dieser später nach Merkendorf verlegt wurde. Zum "Officium Dürrnhof" oder "Arida Curia" gehörte auch der Mönchswald. Jahrhundertelang bewirtschaftete das Kloster Heilsbronn den Dürrnhof in eigener Regie.
Die bisherige Gemeinde Gerbersdorf, bestehend aus den Ortsteilen Gerbersdorf und Waizendorf, wurde mit Wirkung vom 1. Juli 1972 geteilt, wobei der Ortsteil Gerbersdorf in die Stadt Merkendorf eingegliedert wurde und der Ortsteil Waizendorf in die Stadt Wolframs-Eschenbach.
In Gerbersdorf, ursprünglich - wie Gersbach - "Gerwigesdorf" genannt, hatte das Kloster nachweislich seit 1275 Besitzungen. Mit Heilsbronn kam Gerbersdorf im 16. Jahrhundert an die Markgrafen von Ansbach und mit deren Fürstentum 1806 an das Königreich Bayern.
Die ehemalige Gemeinde Hirschlach mit den Ortsteilen Hirschlach und Neuses wurde mit Wirkung vom 1. Mai 1978 in die Stadt Merkendorf eingegliedert.
Der Stadtteil Hirschlach liegt im Altmühltal am Rande des Wiesenbrütergebietes Wiesmet. Die erste urkundliche Erwähnung stammt aus dem Jahre 1208. Auf einem Platz südlich der Kirche, der noch heute Burgstall heißt, soll einst das Schloss der Herren von Hirschlach gestanden haben. Das Kloster Heilsbronn erhielt seine ersten Besitzungen in Hirschlach 1249. Mit der Auflösung des Klosters Heilsbronn im Jahre 1529 wurde Hirschlach markgräflich. In Hirschlach werden zwei Biogasanlagen betrieben, zwei Nahwärmenetze versorgen fast die ganze Ortschaft.
Die St. Johanniskirche in Hirschlach begeht ihre Kirchweihe jährlich am Sonntag nach Johanni mit einem festlichen Serenadenkonzert.
Das ca. 1.100 ha große Wiesmetgebiet grenzt mit seinem Kerngebiet von 75 ha unmittelbar im Süden an Hirschlach und Heglau an. Es ist eines der wertvollsten Wiesenbrütergebiete von europäischem Rang und entstand mit den Flurneuordnungsverfahren zur Verwirklichung des "Neuen Fränkischen Seenlandes". Seit 2004 ist es Teil des europäischen Natura 2000 Schutzgebietes. 160 Bauern bearbeiten das Wiesmet und ermöglichen durch die späte Mahd und den Verzicht auf Düngung einen guten Lebensraum für Brachvogel und Co.
Der Stadtteil Neuses wurde zusammen mit Hirschlach zum 1. Mai 1978 in die Stadt Merkendorf eingegliedert. Neuses war als bäuerliches Gemeinwesen mit ursrpünglich 12 Höfen bzw. Gütern von seiner Entstehung an auf sich gestellt. Es hat sich darin von Hirschlach nicht unterschieden. Nach außen hin wurde es aber - vielleicht erst durch die markgräfliche Administration - mit dem größeren und älteren Hirschlach zu einer Verwaltungseinheit mit gemeinsamem Ortsvorsteher zusammengefasst. Bei Kirche und in der Regel auch Schule war Neuses aber nach Merkendorf eingemeindet.
Im Rahmen der Dorferneuerungsmaßnahmen wurde das Ensemble aus Gefrier- und Waaghaus umgenutzt und ein Dorfplatz gestaltet. Ein engagierter Landwirt errichtete eine Biogasanlage und verlegte mit Hilfe der Dorfgemeinschaft ein Wärmenetz im Zuge der Dorferneuerungsmaßnahmen.
Die Gemeinde Großbreitenbronn bestand bis zum Anschluss an die Stadt Merkendorf am 1. Mai 1978 aus den Ortsteilen Bammersdorf, Großbreitenbronn, Kleinbreitenbronn, Waldeck, Willendorf und Triesdorf Bahnhof.
Großbreitenbronn wurde erstmals im Jahr 1153 in Zusammenhang mit dem Chorstift Heidenheim am Hahnenkamm urkundlich erwähnt. Dass die Gegend jedoch schon seit Jahrhunderten besiedelt ist, beweisen die Flachgräber aus der Eisenzeit - und zwar aus der Epoche der Urnenfelderzeit (etwa 1000 - 800 v.Chr.), die ca. ein Kilometer Entfernung von der Turmruine gefunden wurden. Auf der Anhöhe zwischen Groß- und Kleinbreitenbronn erhebt sich die Turmruine als Rest der Ende April 1187 von Bischof Otto von Eichstätt geweihten Briccius-Kapelle.
Sie ist eine besondere Kulisse bei dem jährlich Anfang Mai stattfindenden Kunsthandwerkermarkt und dem Weihnachtsmarkt Advent im alten Schulgarten jeweils am 2. Advent.
Der Stadtteil Bammersdorf gehörte früher zur Gemeinde Großbreitenbronn und wurde zum 1. Mai 1978 in die Stadt Merkendorf eingegliedert.
Früher stand in Bammersdorf die Kapelle "Sankt Stephan" und um sie herum ein Friedhof. Dieser wurde auch Pestfriedhof genannt. Im Jahre 1633 wurde die Kapelle zerstört.
1970 zählte Bammersdorf noch 9 Häuser, 2015 sind es 15 Häuser. Aus dem reinen Bauerndorf Bammersdorf ist ein moderner Ort mit sehr viel Lebensqualität geworden, deren Mittelpunkt das neue Dorfgemeinschaftshaus ist.
Im Stadtteil Triesdorf Bahnhof befindet sich der Bahnhof Triesdorf, der an der wichtigen Bahnstrecke Treuchtlingen-Würzburg liegt. Diese trennt den Stadtteil in die zwei Bereiche Triesdorf Bahnhof-West und Triesdorf Bahnhof-Ost. Der Bahnhof wurde vom Krautverladebahnhof zum ÖPNV Knotenpunkt.
Der Ort gehörte ursprünglich zur ehemaligen Gemeinde Großbreitenbronn, die im Zuge der Gemeindegebietsreform am 1. Mai 1978 zur Stadt Merkendorf kam.
1928 wurde in Triesdorf Bahnhof eine Krautverwertungs-Genossenschaft gegründet. In den Jahren 2007 und 2008 führte die Stadt Merkendorf im Ort die Dorferneuerung durch. In dem Stadtteil befindet sich auch das Gewerbegebiet Triesdorf Bahnhof.
Willendorf war ebenfalls ein Ortsteil der Gemeinde Großbreitenbronn und wurde mit ihr zum 1.5.1978 in die Stadt Merkendorf eingegliedert.
Im Rahmen der Dorferneuerungsmaßnahmen wurden u.a. der ehemalige Löschwasserteich zum Dorfweiher umgestaltet und durch die Flächenbereitstellung eines Anwohners wurde die Anlage eines Dorfplatzes mit Pavillon ermöglicht..